Mersin Üniversitesi Mühendislik Fakültesi’nin E Blok’unda yer alan Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, 1994 yılında kurulmuş olup ilk öğrencilerini 1996-1997 eğitim-öğretim yılında kabul etmiş ve 1999-2000 yılında ilk mezunlarını vermiştir. 2006-2007 yılına kadar ÖSS ile yıllık 30 öğrenci alımı yapmıştır. 2007-2015 yılları arasında YÖK kararıyla lisans öğrencisi kabul edilmeyen bölümümüzde, 2015-2016 yılından itibaren yeniden alıma başlanmış ve 2016-2017 eğitim-öğretim yılından itibaren %30 İngilizce eğitim modeli uygulanmaktadır.