Gıda Mühendisliği Proğramı, Mühendislik Fakültesi'nin bir bölümü olarak 1993 yılında kurulmuştur. Öğrenimine 1993-1994 yılında 21 öğrenci ile Mersin Metropol binasında başlamıştır. 1994-1995 öğrenim yılında Üniversitenin Çiftlikköy kampüsündeki Mersin Meslek Yüksek Okulu binasının bir kısmına taşınmıştır. 1994-1997 yılları arasında eğitim ve öğretim Mersin Meslek Yüksek Okulu'nun derslik ve laboratuarlarında devam etmiştir. 1996-1997 öğrenim yılı; inşaatı aynı yıl tamamlanan Mühendislik Fakültesi Derslik Bloğunda bölümümüze ayrılan bir sınıfta tamamlanmıştır.